Epidemiologisk typning av MRSA och VRE

För att få en fullständig överblick över den epidemiologiska situationen av MRSA och VRE och förstå vilka vägar smittan tagit är det av stor betydelse att testa isolat från nya fall av dessa anmälningspliktiga bakterier. Sedan år 2000 görs systematiskt epidemiologiska typningar på avdelningen för bakteriologi på Smittskyddsinstitutet (SMI) av alla nya fall av MRSA och VRE från hela landet. Typningarna utförs löpande och utan kostnad för insändaren.

Epidemiologiska typningar utförs med fördel centralt med väletablerade metoder inom ramen för en nationell täckande övervakning. Detta förhindrar dock inte att metoder för epidemiologiska typningar också kan utvecklas och sättas upp på olika laboratorier i landet. Det är tvärtom viktigt att man även lokalt eller regionalt utför typningar för att snabbt få grepp om spridning inom det egna länet av såväl anmälningspliktiga som inte anmälningspliktiga agens som exempelvis gula stafylokocker (S. aureus). För dessa och andra bakterier utan specifika resistensgener finns det dock inga generella nationella rekommendationer förutom de som regleras av lagstiftning om förhindrande av smitta inom vården.

Typning av MRSA

Från 2000 till 2006 typades vid SMI alla insända isolat av MRSA med pulsfältsgel-elektrofores (PFGE, en metod för att separera DNA-fragment) och en nationell databas byggdes upp. Numera utförs i första hand så kallad spa-typning. I vissa sammanhang, framför allt i samband med internationella jämförelser av isolat, både inom och utom Europa, kan även en annan typningsmetod, så kallad multi locus secquence typing (MLST), användas.

Spa-typning

Spa-typning är en tämligen enkel och snabb metod men den kräver apparatur för DNA-sekvensering. Spa-genen kodar för protein A på cellytan hos S. aureus. Vid spa-typning analyseras (sekvenseras) en variabel del av spa-genen som innehåller korta repetitiva DNA-sekvenser. Metoden finns också uppsatt på några laboratorier i landet, men på SMI görs cirka 25 spa-typningar/vecka, motsvarande cirka 1 200 isolat per år. På alla insända isolat görs först ett bekräftande test att det inkomna isolatet verkligen är MRSA, och sedan år 2003 identifieras dessutom eventuell förekomst av den gen som kodar för en särskild virulensfaktor, så kallat PVL-toxin (ett toxin som bakterierna producerar och som kan sättas i samband med vissa MRSA-stammar associerade till samhällssmitta).

Resultatet av spa-typning uttrycks enligt ett system som utarbetats vid universitetet i Münster i Tyskland och som nu används av alla länder i Europa. En databas där alla spa-typer finns listade och i vilken nya typer hela tiden granskas och godkänns (StaphType, Ridom) underlättar arbetet och möjliggör också jämförelser mellan länderna. I Sverige är spa-typerna t002, t008 och t044 vanligast med över 100 isolat vardera under år 2008. De tio vanligaste typerna står för cirka 50 procent av de svenska fallen.

För de vanligaste spa-typerna måste man ibland komplettera med PFGE för att säkrare kunna kartlägga ett utbrott. Resultaten tolkas i samarbete mellan de epidemiologiska och bakteriologiska avdelningarna på SMI och med avnämarna inom vården, det vill säga de lokala smittskydds- och vårdhygieniska enheterna.

Typning av VRE

För VRE, och även för vancomycinkänsliga enterokocker, är PFGE den hittills mest använda och beprövade metoden. Den är, precis som i fallet med MRSA, dock inte internationellt standardiserad varken till metod eller system. Arbete med sådan standardisering pågår visserligen, men är inte enkel. Möjlighet att använda PFGE finns förutom på SMI också vid andra svenska laboratorier.

PFGE

VRE-isolat som sänds till SMI bekräftas med avseende på art och aktuell resistensgen. För att kunna utföra PFGE klyvs bakteriens hela DNA med ett så kallat restriktionsenzym, och för enterokocker, liksom stafylokocker, används enzymet SmaI. DNA-fragmenten separeras med hjälp av pulserande elektriska fält i en agarosgel. Efter avslutad elektrofores färgas gelen för att visualisera banden av DNA-fragment av olika storlek (PFGE-mönster) och avfotograferas.
Resultatet databehandlas för att identifiera likheter och olikheter mellan isolaten. Bakterieisolat av samma ursprung har samma PFGE-mönster och får därmed samma beteckning. Man känner till att enterokockgenomet förändras relativt snabbt vilket gör att en stam med tiden kan uppvisa varianter av samma PFGE-mönster. Tolkningen av resultaten måste även här göras mellan de epidemiologiska och bakteriologiska avdelningarna på SMI och de lokala smittskydds- och vårdhygieniska enheterna.

De aktuella VRE-utbrotten i Stockholm, Västmanland och Halland har till exempel visat sig vara orsakade huvudsakligen av en enda stam av E. faecium med resistensgen vanB och isolaten har samma eller snarlika PFGE-mönster, vilket talar för att bakterierna har samma ursprung. Smittkällan är med stor sannolikhet gemensam men har ännu inte utretts fullständigt.

Text: Magnus Thore, Barbro Olsson-Liljequist

Figur 2. De tio vanligaste spa-typerna hos MRSA-fall 2008 och produktion av PVL-toxin.

Tema vårdrelaterade smittor

• Artiklar
• Smittor i samhället
• Fokusområden
• Fakta