HSV – genotypisk analys av antiviral resistens (sekvensering)

Praktisk information

Allmänt

Aciklovir (ACV) och Penciklovir (PCV) är beroende av det virala thymidinkinaset (TK) för monofosforylering. C:a 95 % av alla ACV- och PCV-resistenta HSV-stammar har resistensmutation i TK. C:a 50% av dessa mutationer är nukleotid-insertioner eller deletioner i C eller G homopolymererna. Hos resterande 50 % orsakas resistensen av aminosyrautbyten. Resistenta stammar som selekterats fram med PCV orsakar oftast aminosyrautbyten i icke-konserverade regioner i TK. Mutationer i TK regionen leder ofta till att korsresistens uppstår mot ACV och PCV.

Foscarnet (FOS/PFA) och Cidofovir (CDV) är ej beroende av TK för aktivering. Resistens mot dessa antiviraler uppkommer enbart genom mutationer i det virala DNA-polymeraset (Pol).

Indikation

Vid förfrågan om genotypisk analys av antiviral resistens (ACV, PCV, CDV, FOS/PFA) vid Herpes Simplex (HSV)-infektion.

Om enbart undersökning av ACV- och/eller PCV-resistens efterfrågas så analyseras genen för viralt tymidinkinas (TK).
Om enbart undersökning av FOS/PFA- och/eller CDV-resistens efterfrågas så analyseras genen för viralt DNA-polymeras (Pol).
I övriga fall analyseras både TK- och Pol-genen.

Kontakt

Provsvar: 08-457 26 21, 08-457 26 25, 08-457 26 55
Medicinskt ansvarig: 08-457 23 00
Kontakt/Metodfrågor: 08-457 26 21, 08-457 26 25, 08-457 26 55

Provmaterial

Lämplig provvolym 500 µL. För odlingskultur/supernatant minst 200 µL. Om en mindre mängd provmaterial finns att tillgå så kan vi späda provmaterial före extraktion.

HSV positiva kroppsvätskor, sårsekret samt blåsskrap.
Biopsi
HSV odlingskultur.

Kontakta gärna SMI innan prov skickas eller vänligen ange på remissen:

Typ av HSV (HSV-1 eller HSV-2)
Kortfattad antiviral anamnes gällande behandling/behandlingar.
Under vilken tidsperiod som den antivirala behandlingen pågått.

Var vänligen använd SMI:s remiss och var noggrann med att fylla i alla uppgifter.

Beställning av remiss:

Beställ/ladda ner SMI:s remiss

Provhantering

Prov bör skickas inom ett dygn från provtagningen och förvaras i rumstemperatur under transporten. Prov som inte omgående efter provtagning skickas till SMI skall förvaras i +4°C (över natt). Undvik om möjligt att skicka prov på fredagar eller dag före långhelg.

Transport

För praktisk handledning inför transport av prov inom Sverige hänvisar vi till publikationen Packa provet rätt.

Priser:

För aktuella priser hänvisar vi till publikationen Prislista för speciell diagnostik

Information om analysen

Metod

Extraktion av viralt DNA från provmaterial, PCR-1, PCR-2 (nestning), analys av PCR-produkt, rening av PCR-produkt, PCR-3 (sekvenseringsreaktion), rening av sekvenseringsprodukt, analys av sekvenseringsprodukt.

Analysprincip

Det virala DNA-thymidinkinaset består av 376 aminosyror för både HSV-1 och HSV-2. Vid den aktuella analysen sekvenseras nukleotider motsvarande hela den kodande regionen. Det virala DNA-polymeraset för HSV-1 består av 1235 aminosyror. DNA-polymeraset för HSV-2 består av 1241 aminosyror. Vid den aktuella analysen sekvenseras i princip hela den kodande regionen.

Svar/tolkning

Tolkning/kommentar lämnas vid resultatet. Det tas då hänsyn till klinisk frågeställning, ev. insjukningsdatum, och tidigare analysresultat m.m. Telefonsvar lämnas på begäran om telefonnummer angetts på remissen.

Tipsa en vän

Uppdaterad 2011-06-17 09:42