CMV – genotypisk analys av antiviral resistens (sekvensering)

Praktisk information

Allmänt

Resistens mot Ganciklovir (GCV) samt Valganciklovir (Val-GCV), kan orsakas av mutationer i genen för det virala DNA-kinaset UL97. Mer än 90 % av alla GCV-resistenta kliniska CMV-isolat har mutation i genen för UL97. Cirka 10 % av GCV-resistenta CMV-stammar har mutation i genen för det virala DNA-polymeraset (UL54). Foscarnet (FOS/PFA) samt Cidofovir (CDV) är ej beroende av UL97-genen för aktivering, således uppkommer resistens mot dessa antiviraler enbart genom mutation i genen för UL54.

Indikation

Vid förfrågan om genotypisk analys av antiviral resistens (GCV, Val-GCV, FOS/PFA, CDV) vid CMV-infektion.

  • Om enbart undersökning av GCV- och/eller Val-GCV-resistens efterfrågas så analyseras genen för UL97.
  • Om enbart undersökning av FOS/PFA- och/eller CDV-resistens efterfrågas så analyseras genen för UL54.
  • I övriga fall analyseras generna för både UL97 och UL54.

Kontakt

Provsvar: 08-457 26 55, 08-457 26 25, 08-457 26 21
Medicinskt ansvarig: 08-457 23 00
Kontakt/Metodfrågor: 08-457 26 55, 08-457 26 25, 08-457 26 21

Provmaterial

Lämplig provvolym 5 ml EDTA blod. För andra kroppsvätskor minst 500 µL. Om en mindre mängd provmaterial finns att tillgå så kan vi späda provmaterial före extraktion. För odlingskultur/supernatant räcker det med 200 µL.

  • I första hand EDTA blod.
  • CMV positiva kroppsvätskor samt biopsier
  • CMV odlingskultur.

Kontakta gärna SMI innan prov skickas eller vänligen ange på remissen:

  • Kortfattad antiviral anamnes gällande behandling/behandlingar.
  • Under vilken tidsperiod som den antivirala behandlingen pågått.

Vänligen använd SMI:s remiss och var noggrann med att fylla i alla uppgifter.

Beställning av remiss:

Beställ/ladda ner SMI:s remiss

Provhantering

Prov bör skickas inom ett dygn från provtagningen och förvaras i rumstemperatur under transporten. Prov som inte omgående efter provtagning skickas till SMI skall förvaras i +4°C (över natt). Undvik om möjligt att skicka prov på fredagar eller dag före långhelg.

Transport

För praktisk handledning inför transport av prov inom Sverige hänvisar vi till publikationen Packa provet rätt.

Priser

För aktuella priser hänvisar vi till publikationen Prislista för speciell diagnostik

Information om analysen

Metod

Extraktion av viralt DNA från provmaterial, PCR 1, PCR 2 (nestning), analys av PCR-produkt, rening av PCR-produkt, PCR 3 (sekvenseringsreaktion), rening av sekvenseringsprodukt, analys av sekvenseringsprodukt.

Analysprincip

Det virala kinaset UL97 består av 707 aminosyror. Vid den aktuella analysen sekvenseras nukleotider motsvarande aminosyra 454-683. Detta område omfattar de positioner där mutationer som inducerar GCV- och Val-GCV-resistens är påvisade.

Det virala polymeraset UL54 består av 1242 aminosyror. Vid den aktuella analysen sekvenseras nukleotider motsvarande aminosyra 267-597 samt 667-1005. Dessa områden omfattar de positioner där mutationer som inducerar GCV-, Val-GCV-, FOS/PFA- och CDV-resistens är påvisade.

Svar/tolkning

Tolkning/kommentar lämnas vid resultatet. Det tas då hänsyn till klinisk frågeställning, ev. insjukningsdatum, och tidigare analysresultat m.m. Telefonsvar lämnas på begäran om telefonnummer angetts på remissen.

Tipsa en vän

Uppdaterad 2011-06-17 09:35

Fakta & fördjupning

Cytomegalovirusinfektion