Diagnostisk analys för salmonella: Epidemiologisk typning
(art nr 1056, 1071, 1072, 1073)
Indikation:
Epidemiologisk typning av Salmonella för övervakning av smittspridning och för smittspårning. Vid utbrott skall endast ett begränsat antal stammar sändas till SMI för typning, förslagsvis indexfallet och ytterligare tre isolat.
Salmonella-isolat från känd smittbärare skall inte sändas för typning då sannolikheten att, hos en och samma individ, hitta ytterligare serotyper är liten.
Provmaterial:
Renkultur av biokemiskt identifierat Salmonella-isolat på ett av SMI tillhandahållet transportsubstrat. Stammen sparas i rumstemperatur.
Analysmetod:
Biokemisk identifiering av Salmonella görs i form av en rutinmässig begränsad biokemisk test. Vid behov görs även biokemisk testning för artidentifiering och för att avgöra isolatets subspeciestillhörighet. Vid oklara resultat i dessa tester kan även PCR och DNA sekvensering av 16s rRNA gener göras.
Serologisk typning av Salmonella är en ackrediterad metod.
Salmonella kan enligt den senaste utgåvan av Kauffmann-White schemat indelas i 2 501 serotyper. Indelningen sker med avseende på två olika typer av ytantigener, dels en lipopolysackarid och dels flageller. Flertalet serotyper av Salmonella kan producera två olika typer av flageller. Ytantigenerna påvisas med agglutination.
Serologisk typning av Salmonella är en beprövad metod med erkänd taxonomi. I praktiken kan nästan alla Salmonella-isolat typas med denna metod.Resultat från 5640 typade isolat visade följande: Känd serotyp 5415 (96%), monofasisk variant 139 (2,5%), ej serologiskt typbar 13 (0,2%), negativt för Salmonella 73 (1,3%).
Salmonella Enteritidis och Salmonella Typhimurium fagtypas oftast för att även kunna särskilja under serotyp. Vid behov kan molekylärgenetisk typning av dessa och andra serotyper göras.
Då vi får isolat som inte agglutinerar som en känd serotyp skickas dessa isolat till WHOs referenslaboratorium i Paris för typning. I regel rör det sig i dessa fall om nya serotyper av Salmonella.
Svar/Tolkning
Artidentifieringen besvaras antingen som ”Salmonella” eller som ”Negativt för Salmonella”.
Serotypning besvaras enligt gällande Kauffmann-White schema. Fagtypning besvaras enligt schemata som tillhandhålls av referenslaboratoriet i London. Salmonella-isolat med fagmönster som ej överensstämmer med accepterade fagtyper besvaras NST och ej typbara med NT.
Minimikriterier:
Stam som agglutinerar som en känd serotyp och som i den korta biokemiska karaktäriseringen jäser som Salmonella besvaras som Salmonella med angivande av serotyp.
Stam som håller två antigener besvaras som Salmonella samt hittade antigener efter utökad biokemisk testning
Stam som håller mindre än två antigener får besvaras som Salmonella eller "Negativt för Salmonella" först efter biokemisk artidentifiering.
Det utskrivna svaret kontrolleras med avseende på att patientuppgifter, insändare och svar är korrekt och signeras och skickas till insändande laboratorium.
Journalblad, originalremisser, minneslistor, protokoll och ursprungsrör sparas enligt gällande gallringsregler.
Kontakt:
Provsvar: 08-457 2416
Medicinskt ansvarig: 08-457 2415
Metodfrågor: 08-457 2416
Priser:
För aktuella priser hänvisar vi till publikationen Prislista för speciell diagnostik som finns att ladda ner på SMI:s webbplats.
Packa provet rätt:
För praktisk handledning inför transport av prov inom Sverige hänvisar vi till publikationen Packa provet rätt som finns att ladda ner på SMI:s webbplats.
Beställning av remiss:
Beställ/ladda ner SMI:s remiss
Referenser:
Ewing. 1986. Identification of Enterobacteriaceae. Elsevier Press.
Farmer III et. al. 1985. Biochemical Identification of New Species and Biogroups of Enterobacteriaceae. J. Clin. Microbiol. 21:46-76.
Popoff and LeMinor. 2001. Antigenic Formulas of the Salmonella Serovars. WHO Collaborating Centre for Salmonella. Paris
Uppdaterad 2007-01-04 09:58