PFGE-typning

För epidemiologisk typning av MRSA används pulsfältsgelelektrofores (PFGE), den DNA-baserade typningsmetod som i dag är internationell standard.

Databasen över MRSA isolerade i Sverige innehåller för närvarande mer än 5000 stammar. Som referens för typning med PFGE används 22 referensstammar (21 Harmony-isolat och ett isolat från en tidigare nordisk studie, DK E97-1), representerande epidemiska MRSA i 10 europeiska länder under perioden 1990-1999, insamlade genom det s.k. Harmony-projektet.

Med referensstammarnas bandmönster som hjälp namnges samtliga MRSA isolerade i Sverige enligt följande:

Identiskt med Harmony-stam: Samma beteckning som Harmony-stammen, t.ex. UK E16.
Snarlik Harmony-stam (oftast 1–3 bands skillnad), och identifierat hos minst två isolat:Svensk beteckning uppbyggd på år (det år som bandmönstret först uppträdde i Sverige enligt nuvarande kunskap från databasen) och löpnummer, samt med hänvisning till referensstammen t.ex. SE97-4 (UK E16 likn).
Olikt Harmony-stam (egen gren i dendrogram) och identifierat hos minst två isolat: Svensk beteckning uppbyggd på år (det år som bandmönstret först uppträdde i Sverige enligt nuvarande kunskap från databasen) och löpnummer, men utan hänvisning till referensstammen, t.ex. SE97-2, SE00-1.
Variant av svensk beteckning (oftast 1–3 bands skillnad, men på samma gren i dendrogram):Svensk beteckning (med eller utan hänvisning till referensstam) följt av liten bokstav, t.ex. SE97-4a (UK E16-likn), SE97-2b, SE00-1a.
Isolat med helt unika bandmönster: Isolatet ges beteckningen unik och ett löpnummer, t.ex. unik 025. I de fall då ytterligare isolat med samma bandmönster identifieras kommer båda/alla att ges en SE-beteckning enligt punkt 3 ovan, och den unika beteckningen kommer att tas bort.